Jan Karol Marcinkowski urodził się 23 czerwca 1800 r. w rodzinie mieszczańskiej jako piąte dziecko Józefa i Agnieszki z Kopickich. Od młodych lat wykazywał talent do nauki. Uczęszczał do gimnazjum św. Marii Magdaleny. Dobre wyniki w nauce doprowadziły do zatrudnienia go w roli korepetytora dzieci wielkopolskich ziemian, m.in. Radziwiłłów. Po zdaniu matury w 1817 r. dzięki pomocy ks. Antoniego Radziwiłła rozpoczął studia medyczne w Berlinie. W trakcie studiów był członkiem tajnej organizacji Polonia mającej na celu samokształcenie, ale również cele niepodległościowe. Na krótko przed egzaminem doktorskim w wyniku dekonspiracji Marcinkowski został aresztowany w lutym 1822 r. i skazany na sześć miesięcy więzienia w twierdzy Wisłoujście.

Po odbyciu kary wznowił studia, broniąc w kwietniu 1823 r. rozprawy doktorskiej „O wskazaniach lekarskich”, po czym powrócił do Poznania, gdzie otworzył praktykę w domu aptekarza Kolskiego przy Starym Rynku. Był również wolontariuszem w Zakładzie Sióstr Miłosierdzia przy obecnym Placu Bernardyńskim, a popołudniami jeździł z wizytami do chorych spoza Poznania. Ze wspomnień wynika, że opłaty za leczenie pobierał tylko od zamożniejszych pacjentów, zaś pozostałych leczył za darmo. Jak wspominał Antoni Krzyżanowski: „Z nocnych podróży tak zwykle wracał, aby z rana od 6 do 8 g. być w posłudze biedniejszych odwiedzających go chorych.” Ponadto przyjmował nie tylko Polaków, lecz także Niemców i Żydów, co prowadziło do jego coraz większej popularności oraz uzyskania przydomka Doktor Marcin (Marcinek). W wyniku swojej szeroko zakrojonej działalności dobroczynnej mimo zarabiania znaczących kwot nigdy nie dorobił się znaczniejszego majątku, nie zdecydował się również na założenie rodziny. Na wieść o wybuchu powstania listopadowego wyruszył do Królestwa Kongresowego. Początkowo wachmistrz w szwadronie jazdy poznańskiej, następnie podporucznik w 2 pułku strzelców konnych. Za bitwę pod Olszynką Grochowską otrzymał order Virtuti Militari. Pod koniec marca 1831 r. został przeniesiony na funkcję lekarza sztabowego w oddziale gen. Dezyderego Chłapowskiego, walczącego na Litwie, a następnie u gen. Antoniego Giełguda. Po przekroczeniu wraz z wojskiem granicy pruskiej został internowany w Kłajpedzie, gdzie czynnie pomagał w tłumieniu epidemii cholery. Dzięki pomocy Chłapowskiego udał się na emigrację do Wielkiej Brytanii i Francji doskonaląc swoje umiejętności lekarskie, awiązał także kontakt ze środowiskami emigranckimi: ks. Adama Jerzego Czartoryskiego i Towarzystwa Demokratycznego Polskiego, lecz nie związał się na stałe z żadnym z ugrupowań politycznych. Powrócił do Poznania w marcu 1836 r., lecz niedługo później został aresztowany za udział w powstaniu i skazany na 9 miesięcy uwięzienia w twierdzy, konfiskatę mienia i przymusową dwuletnią służbę w wojsku jako niższy chirurg. W wyniku licznych protestów kierowanych do władz pruskich, karę zmniejszono do 3 miesięcy uwięzienia w znośnych warunkach w Świdnicy, urlopowano go nawet, aby pomagał zwalczać epidemię cholery, jaka wybuchła w Poznaniu w 1837 r. Zdając sobie sprawę z niemożności wywalczenia niepodległości na drodze walki zbrojnej zdecydował się podejmować działania mające na celu wzmocnienie polskiej społeczności pod względem ekonomicznym i intelektualnym.

W 1838 r. Marcinkowski założył spółkę akcyjną Bazar, której spotkanie założycielskie odbyło się w jego mieszkaniu na ul. Podgórnej 7. Z początkowo skromnej inicjatywy w wyniku nacisków akcjonariuszy powstał okazały Bazar – budynek będący centrum polskiego handlu, rzemiosła oraz inicjatyw na rzecz polskiego społeczeństwa. Drugą istotną inicjatywą Marcinkowskiego było założone w 1841 r. Towarzystwo Naukowej Pomocy dla Młodzieży Wielkiego Księstwa Poznańskiego, fundujące edukację zdolnej polskiej młodzieży z biednych rodzin, które przyczyniło się rozwoju polskiej inteligencji. Celem Towarzystwa było: „wydobywać z mas ludu zdatną młodzież, a wykrywszy jej talenta, obrócić ją na pożytek kraju, dając pomoc i stosowny kierunek jej wykształceniu.” O sukcesie tej inicjatywy świadczy fakt, że funkcjonowało bez przerwy aż do 1939 r. fundując stypendia dla ponad 6,5 tys. uczniów i studentów. Wreszcie w 1845 r. założył dobroczynne Towarzystwo Wspierania Ubogich i Biednych. W 1841 r. Marcinkowski wszedł również do świata polityki poprzez wybranie na radnego miejskiego, a dwa lata później został nawet przewodniczącym rady miasta, co ciekawe przy poparciu zarówno Polaków jak i Niemców.

Tak wielka aktywność nadwyrężała zdrowie Marcinkowskiego chorującego od czasów studenckich na nieuleczalną w I poł. XIX w. gruźlicę. Z powodu postępów choroby w sierpniu 1846 r. zaprzestał przyjmowania pacjentów. Dla poprawienia swojego stanu zdrowia udał się do majątku swojego przyjaciela, hrabiego Wiktora Łakomickiego w Dąbrówce Ludomskiej. Wobec stale pogarszającego się stanu zdrowia sporządził testament, w którym rzeczy osobiste zapisał najbliższym mu osobom, zaś majątek polecił oddać na cele dobroczynne. Zmarł 7 XI 1846 r. Pochowano go na obecnie nieistniejącym cmentarzu świętomarcińskim w Poznaniu (obecnie znajduje się tam park jego imienia) w obecności wielu jego byłych współpracowników i pacjentów różnych stanów i narodowości. W 1923 r. szczątki Marcinkowskiego przeniesiono do kościoła św. Wojciecha, gdzie znajdują się do dzisiaj. Swoją działalność następująco scharakteryzował sam Marcinkowski: „Bóg nas stworzył bez różnicy: jednostajnem wszystkich znamieniem dał piętno obrazu i podobieństwa swego – to jest godności człowieka. Bracia! Tę godność w sobie wywołać, tę godność uszlachetnić – oto jest droga, na której do osiągnięcia ulepszeń dążyć powinniśmy.” Jego działania doceniali również Prusacy. W opinii prezydenta Prowincji Poznańskiej Adolfa H. von Arnim-Boitzenburg: „Marcinkowski (...) gotów w każdej chwili umrzeć za swój kraj i naród, ma zdecydowany wstręt do wszelkiego podstępu i tajności. Chce on tu swoją nację w W. Ks. Poznańskiem podnieść i odregenerować; ma miłosierne serce i zawsze otwartą kiesę dla potrzebujących rodaków za granicą, ale przeciwny każdemu politycznemu związkowi W. Księstwa z emigracją.“ Obecnie imię Marcinkowskiego nosi m.in. I Liceum Ogólnokształcące w Poznaniu (nazywane Marcinkiem) oraz poznański Uniwersytet Medyczny. W Poznaniu są też dwa pomniki zasłużonego lekarza i organicznika: przed Liceum i w Alejach jego imienia. Pomnik Karola Marcinkowskiego znajduje się na skrzyżowaniu Alei Marcinkowskiego i ul. 23 Lutego, w pobliżu mieszkania, w którym Marcinkowski prowadził swoją praktykę lekarską. Odlany z brązu pomnik, według projektu Stanisława Radwańskiego, odsłonięto 29 VI 2005 r. Jego fundatorami byli: Fundacja 750-lecia Lokacji Poznania, Kompania Piwowarska, PKO Bank Polski, Enea i Agrobex. Napis na cokole pomnika: „Karol Marcinkowski – twórca pracy organicznej”. Mniej znany drugi pomnik Marcinkowskiego w Poznaniu, również odsłonięty w 2005 r., znajduje się przed . I Liceum Ogólnokształcącym noszącym jego imię.